Po powrocie do kraju wziął udział w tłumieniu powstania Chmielnickiego. 11 kwietnia 1654 oficjalnie mianowany przez króla Jana Kazimierza generałem artylerii i wojsk cudzoziemskiego autoramentu. Otrzymał wówczas starostwo skirstymońskie, ale starostwo to odstąpił Pacowihttps://www.wielcy.pl/boniecki/pl/art/9/120.xml#osoba82. W tym też roku wziął udział pod dowództwem hetmana wielkiego litewskiego Janusza Radziwiłła w wojnie polsko rosyjskiej 1654–1667Малов А.В. Русско-польская война 1654–1667 гг. Москва, Цейхгауз, 2006. ..
W początkach sierpnia Radziwiłł, mianował go tymczasowym dowódcą swoich wojsk w sile 5 tys. kawalerii, które obozowały 5 km od Wilna. Po zdobyciu 8 sierpnia 1655 roku Wilna przez Rosjan Judycki wycofał się na Żmudź. Tam został aresztowany przez stronników Radziwiłła za odmowę poparcia układu kiejdańskiego. Przekazany przez Radziwiłła Szwedom, uciekł z niewoli w 1656 roku. W latach 1658–67 regimentarz wojska litewskiego. W 1658 w imieniu wojsk litewskich prowadził pertraktacje z Bogusławem Radziwiłłem odnośnie do przekazania wojsku dóbr odebranych Januszowi Radziwiłłowi. 8 lutego 1660 jego oddział w sile 4 tys. ludzi został przez Rosjan rozbity w bitwie pod Miadziołem.