Józefa Mianowskiego podjął też pierwsze systematyczne badania etnograficzne na wschodnim Polesiu, które po 6 tygodniach musiał przerwać w związku z wybuchem I wojny światowej.

W 1918 r. wrócił do Warszawy, gdzie pracował początkowo jako wychowawca w internacie, od 1919 r. jako sekretarz w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. W 1920 r. wstąpił jako ochotnik do wojska, został odznaczony Krzyżem Walecznych. 1 września 1922 r. został starszym asystentem, a w 1924 r. kierownikiem Oddziału Etnologii Słowiańskiej Instytutu Antropologicznego w Towarzystwie Naukowym Warszawskim i odtąd mógł się całkowicie poświęcić pracy naukowej.

Dzięki znaczącemu dorobkowi naukowemu, na wniosek i przy poparciu Kazimierza Nitscha i Jana Rozwadowskiego 1 stycznia 1926 r. mianowano go zastępcą profesora i kierownikiem Katedry Etnografii Słowian w Studium Słowiańskim Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1930 r. został profesorem nadzwyczajnym, w 1934 r. – zwyczajnym. Od 1 września 1935 r. do wiosny 1945 r. przebywał w Wilnie, gdzie do 1940 r. kierował Katedrą Etnologii i Etnografii Uniwersytetu Stefana Batorego. W maju 1945 r. powrócił do Krakowa i odtąd aż do śmierci kierował Katedrą Etnografii Słowian UJ. Od 1929 redagował dział etnograficzny „Ludu Słowiańskiego”.

W 1952 r. został członkiem tytularnym, a w 1957 r.