m.in. wykładał tu Maciej Kazimierz Sarbiewski (1617–1620), wybitny poeta. Po kasacie zakonu jezuitów (1773) szkołę prowadzili karmelici, w 1817 szkołę zamieniono na gimnazjum, którym opiekował się Uniwersytet Wileński. W 1823 r. w gimnazjum powstało tajne antyrosyjskie stowarzyszenie polskich uczniów Czarnych Braci, wykryte przez władze carskie i poddane represjom. W 1842 gimnazjum przeniesiono do Kowna.
Od 2009 w dawnym budynku bursy kolegium jezuickiego działa (lit.) Kražių Motiejaus Kazimiero Sarbievijaus Kultūros Centras (pol. Centrum Kultury im. Macieja Kazimierza Sarbiewskiego SJ) mieszczące m.in. muzeum regionalne i galerie wystawową.
Podczas okupacji hitlerowskiej, pod koniec czerwca 1941 roku Niemcy wraz z Litwinami utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 400 osób. 2 września 1941 roku Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowano w lesie Kupre. Sprawcami zbrodni było 12 niemieckich policjantów oraz 80 Litwinów ze służb policyjnych.