Na kilka lat przed II wojną światową przestawił się na badania w dziedzinie metabolizmu prątków gruźlicy, pracując w Miejskim Sanatorium w Otwocku. Kontynuował je w latach wojny w fabryce farmaceutycznej Nasierowskiego (1940–1941) oraz kierując działem chemii Państwowego Zakładu Higieny w Warszawie, gdzie prowadził głęboko zakonspirowaną pracę badawczą i dydaktyczną. W czasie okupacji prowadził też nielegalną produkcję materiałów wybuchowych, zapalających, paliw, a także toksyn bakteryjnych dla AK. Brał udział w powstaniu warszawskim w Zgrupowaniu „Krybar”, ps. dr Tulski. 5 września 1944 wywieziony z ludnością cywilną do obozu w Pruszkowie, uciekł z transportu. Początkowo ukrywał się w Grodzisku Mazowieckim, od grudnia 1944 do stycznia 1945 w Iłży.
W marcu i kwietniu 1945 zaczął tworzyć w Łodzi Zakład Chemii Lekarskiej, który wszedł w skład utworzonego później Uniwersytetu Łódzkiego jako Katedra Chemii Ogólnej i Fizjologicznej Wydziału Lekarskiego.