Skidziń był wsią szlachecką i należał do rodu Skidzińskich, których jako właścicieli wymienia w latach 1470–1480 Jan Długosz w Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis. W 1564 roku wraz z całym księstwem oświęcimskim i zatorskim miejscowość leżała w Małopolsce w granicach Korony Królestwa Polskiego i znajdowała się w województwie krakowskim w powiecie śląskim. Po unii lubelskiej w 1569 roku księstwo Oświęcimia i Zatora stało się częścią Rzeczypospolitej Obojga Narodów w granicach, której pozostawało do I rozbioru Polski w 1772 roku.
Lustracja królewska z roku 1581 zanotowała wieś jako własność Walentego Skidzieńskiego, a w niej wykazała 5 łanów kmiecych, 6 zagrodników z rolą, 1 zagrodnika bez roli, 4 komorników z bydłem, 2 komorników bez bydła.
Po rozbiorach Polski wieś znalazła się w zaborze austriackim. W XIX-wiecznym Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego miejscowość wymieniona jest w powiecie bialskim w Galicji. Według austriackiego spisu ludności w XIX wieku roku znajdowało się w niej 51 domów, w których mieszkało 303 mieszkańców, w tym 140 mężczyzn oraz 163 kobiety.