Dalsze projekty Równolegle opracowanym do Su-9 rozwinięciem T-3 był T-47, przyjęty na uzbrojenie jako Su-11. Prowadzono też inne prace doświadczalne nad rozwinięciem samolotu T-3, w wyniku których zbudowano prototypy T-5 (dwa silniki R-11F-300, oblatany 18 lipca 1958) i T-49 (z bocznymi wlotami powietrza w nosie, po bokach stożkowej osłony stacji radiolokacyjnej, zbudowany w 1959), lecz prac tych nie kontynuowano. W 1967 jeden Su-9 przebudowano na doświadczalny samolot 100Ł w celu testowania formy skrzydła dla bombowca naddźwiękowego T-4.
Użycie Pierwsze T-43 trafiły do jednostek już w czerwcu 1959, przed zakończeniem prób, zaczynając od pułku stacjonującego w okolicach zakładu nr 153, dla łatwiejszego zabezpieczenia ich eksploatacji i wnoszenia ulepszeń. Do końca 1959 ponad 150 samolotów ze 163 wyprodukowanych trafiło do jednostek. W lipcu 1961 Su-9 zaprezentowano na paradzie lotniczej w Tuszynie. W połowie lat 60. stanowiły uzbrojenie ok. 30 pułków wojsk obrony powietrznej, m.in. o numerach 28, 61, 90, 136, 179, 191, 201, 350, 393, 415, 790, 894.