Jákup Mikkelsen (ur. 14 sierpnia 1970 w Klaksvík na wyspie Borðoy) – farerski piłkarz, grający na pozycji bramkarza.
Kariera klubowa Mikkelsen urodził się w mieście Klaksvík, drugim co do wielkości na Wyspach Owczych. Piłkarską karierę zaczynał w miejscowym klubie KÍ Klaksvik, do którego trafił w wieku 20 lat. W 1991 roku wywalczył z zespołem tytuł mistrza kraju, jednak nie miał w tym udziału, gdyż był tylko rezerwowym. Bramkarzem pierwszej jedenastki został dopiero w 1993 roku, jednak w kolejnych latach zespół nie mógł powtórzyć osiągnięcia z 1991. W 1994 Mikkelsen grał we wszystkich meczach, a do tego zdołał zdobyć 1 bramkę w lidze, Klaksvik zajęło jednak dopiero 4. pozycję w lidze. Rok 1995 Mikkelsen także zaczął w barwach KÍ (także zdobył gola w lidze), jednak we wrześniu wyjechał z Wysp Owczych i trafił do duńskiego zespołu Herfølge BK pomagając zespołowi w utrzymaniu się w lidze. Przez pierwsze 2 sezony w Herfølge nie grał jednak wiele, dopiero w sezonie 1997/1998 na dobre wskoczył do bramki drużyny i zajął z nią 9. miejsce w Superligaen. W sezonie 1998/1999 Herfølge zagrało jeszcze lepiej i uplasowało się na 5. miejscu w tabeli, a wkład Jákupa był naprawdę duży. Zagrał we wszystkich 33 meczach ligowych, w których puścił 36 bramek (najmniej w lidze), a do tego sam strzelił 2 gole.