Geny oporności mogą rozprzestrzeniać się w populacjach bakterii m.in. w wyniku poziomego transferu genów, np. przez przekazywanie plazmidów podczas kontaktu komórek, pobieranie DNA z otoczenia lub przenoszenie materiału genetycznego za pośrednictwem bakteriofagów. Część bakterii w trakcie antybiotykoterapii może przejściowo przekształcać się w tzw. formę L pozbawioną ściany komórkowej, co ogranicza skuteczność antybiotyków celujących w syntezę ściany, a po zakończeniu leczenia może dojść do powrotu do postaci wytwarzającej ścianę komórkową.
Definicja oporności na antybiotyki Oporność na antybiotyki można rozpatrywać w różnych aspektach: Oporność mikrobiologiczna — posiadanie jakiegokolwiek mechanizmu przeciwstawiającego się działaniu leku, który pozwala mikroorganizmowi przeżyć w wyższych stężeniach leku niż w przypadku tych samych lub pokrewnych mikroorganizmów pozbawionych tego mechanizmu. Oporność farmakologiczna — zdolność mikroorganizmu do przeżycia w stężeniach leku wyższych niż osiągalne w organizmie pacjenta podczas leczenia. Czasem wyróżnia się kategorię średniej wrażliwości, czyli zdolności mikroorganizmu do przeżycia w takich stężeniach leku, które są wyższe niż osiągalne typowo, ale mogą być przekroczone w niektórych przypadkach (np. po podaniu zwiększonej dawki lub w niektórych miejscach w organizmie, jak np.