Pustyny od początku swego istnienia były integralną częścią parafii Krościenko Wyżne. Wiosną 1992 r. wybudowano ołtarz polowy na parceli Wandy Tomkowicz. Budowa kościoła rozpoczęła się w 1994 roku, na tej samej działce. Za projekt odpowiedzialny był Fryderyk Liput. W dniu 28 czerwca 1998 roku została erygowana parafia rzymskokatolicka pod wezwaniem Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny obejmująca miejscowości Pustyny i Zalesie. Konsekracji dokonał Ksiądz Arcybiskup Józef Michalik. Pierwszym proboszczem został Ksiądz Stanisław Misiak. W 2000 roku funkcję tę objął Ksiądz Tadeusz Osiński. Od 1999 roku rozpoczęła się budowa plebanii. 30 października 2011 roku poświęcono cmentarz parafialny znajdujący się na terenie Krościenka Wyżnego, obok funkcjonującego wcześniej cmentarza.