Na początku relacje syna z ojcem układały się bardzo dobrze. Kiedy w 1228 roku, Fryderyk II wyruszył na krucjatę, Henryk udaremnił knuty przez papieża Grzegorza IX, spisek antycesarski. Rzym wraz z księciem Bawarii Ludwikiem I Wittelsbachem, chciał bowiem zdetronizować Staufów, a na ich miejsce wprowadzić Welfa, Ottona z Luneburga. Henryk uprzedził jednak przeciwników i po szybkim ataku na Ratyzbonę pokonał Ludwika I i jako zakładnika wziął jego syna. Wkrótce pod naciskiem Książąt Rzeszy obawiających się wzrostu władzy królewskiej uszczuplonej wcześniej przez Fryderyka, Henryk został zmuszony do rozpuszczenia swojego szwabskiego wojska. Cesarz stanął po stronie książąt. Nie docenił starań króla o utrzymanie ojcowskiej władzy w Niemczech, co doprowadziło do konfliktu między nimi.
Od 1231 roku Henryk VII zaczął otwarcie buntować się przeciw ojcu. Uwięził nowego księcia Bawarii Ottona II Wittelsbacha, który tron w Ratyzbonie odziedziczył po zamordowanym ojcu Ludwiku I. Jednocześnie dokonał najazdu na oddanych cesarzowi: margrabiego Badenii Hermana V oraz hrabiów Hohenlohe. Kulminacją konfliktu był rok 1234, w którym Henryk zwołał do Boppard Sejm Rzeszy. Przy poparciu Szwabii i biskupów Augsburga, Würzburga i Wormacji wypowiedział posłuszeństwo cesarzowi.