Ponadto dodatkowe środki finansowe MIR pozyskuje poprzez Wieloletni Program Zbierania Danych Rybackich finansowany przez Komisję Europejską i Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, projekty badawcze finansowane przez MNiSW oraz Programy Ramowe Unii Europejskiej, usługi naukowe świadczone dla instytucji i przedsiębiorstw w kraju i zagranicą oraz własną działalność gospodarczą.
Bardzo ważne znaczenie dla MIR ma międzynarodowa współpraca, koordynowana przez Międzynarodową Radę Badań Morza (ICES), prowadzenie badań niezbędnych do realizacji przez Polskę oraz członkostwo Dyrektora MIR w EFARO – Europejskim Stowarzyszeniu Instytutów Badawczych Rybołówstwa i Akwakultury.
Zakłady Naukowe MIR-PIB Zakład Zasobów Rybackich Zakład Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza Zakład Technologii i Mechanizacji Przetwórstwa Zakład Chemii Żywności i Środowiska Zakład Ekonomiki Rybackiej
Inne struktury organizacyjne MIR-PIB Do MIR-u należy: Akwarium Gdyńskie, którego zadaniem jest popularyzacja wiedzy o środowisku morskim, Stacja Badawcza w Świnoujściu, która jest zapleczem do badań środowiska oraz zasobów rybnych Zalewu Szczecińskiego i Zatoki Pomorskiej, Zakład Sortowania i Oznaczania Planktonu w Szczecinie, świadczący usługi naukowo-techniczne dla instytucji zagranicznych, głównie USA.