występuje u wirusów i organizmów komórkowych. thumb|350px|Porównanie mechanizmy działania egzonukleaz 3'→5' typu hydrolaz (po lewej) i nukleotydylotransferaz (po prawej) Niektóre egzonukleazy są zdolne do trawienia zarówno DNA, jak i RNA, np. egzonukleaza z jadu węża (SVPD, z ang. snake venom phosphodiesterase, EC 3.1.15.1) lub egzonukleaza ze śledziony (EC 3.1.15.2).
Polimerazy o aktywności egzonukleaz Aktywność egzonukleaz wykazują niektóre polimerazy. Przykładowo, polimeraza DNA z faga T4 wykazuje niezwykle silną aktywność egzonukleazy 3'→5', natomiast polimeraza DNA I z E. coli jest równocześnie egzonukleazą 5'→3' i egzonukleazą 3'→5', a wyizolowany z niej fragment Klenowa jest polimerazą i egzonukleazą 3'→5'.
Aktywność egzonukleazy 3'→5' bakteryjnych polimeraz DNA pełni funkcje naprawcze, korygując błędy powstające podczas replikacji. Cecha ta nosi nazwę aktywności korekcyjnej polimerazy DNA.
Zabezpieczenie RNA przed trawieniem RNA trawiony jest przez egzorybonukleazy. Aby możliwa była efektywna translacja, mRNA chroniony jest na końcu 5' przed egzonukleazami 5'→3' za pomocą tzw.