Podczas tego przelotu uszkodzeniu uległ jeden z zaworów w silniku sondy, co odchyliło ją od właściwego toru lotu. Zespół kontroli lotu Nozomi wydał komendy korygujące skutki tego incydentu. Wkrótce potem okazało się, że dokonane manewry pochłonęły taką ilość paliwa, że niemożliwe stało się wejście na orbitę okołomarsjańską w planowanym dniu 11 października 1999 (o godz. 7:45:14). Japońskim naukowcom udało się opracować zastępczy plan lotu umożliwiający sondzie dotarcie do Marsa na przełomie lat 2003/2004 i wykonanie powierzonych zadań. Plan przewidywał kolejne przeloty rozpędzające koło Księżyca, a potem kolejne dwa koło Ziemi, wspomagane silnikiem sondy.
Będąc w przestrzeni kosmicznej, 21 kwietnia 2002 Nozomi doznała bombardowania cząstkami pochodzącymi z bardzo silnego rozbłysku na Słońcu. Uszkodziły one niektóre z obwodów elektronicznych sondy. Mimo to, statek dalej wykonywał swój nowy plan – sonda Nozomi dokonała drugiego zbliżenia z Ziemią 21 grudnia 2002, w odległości 35 900 km. Do trzeciego zbliżenia z Ziemią doszło 19 czerwca 2003, w odległości 11 000 km.