Struktura organizacyjna Na strukturę organizacyjną jednostki składają się: kierownictwo i stanowiska samodzielne dział organizacyjny dział kadr dział penitencjarny dział ochrony dział ewidencji dział finansowy dział kwatermistrzowski dział zatrudnienia osadzonych dział łączności i informatyki zakład opieki zdrowotnej inspektor ds. kadr inspektor ds. organizacyjno-prawnych inspektor ds. zatrudnienia i bhp inspektor ds informatyki instruktor.
Zadania Dyrektor Zakładu Karnego Malbork realizuje zadania na podstawie ustawy z dnia 9 kwietnia 2010 r. o Służbie Więziennej. Do zadań realizowanych należy: wykonywanie tymczasowego aresztowania w sposób zabezpieczający prawidłowy tok postępowania karnego, ochrona społeczeństwa przed osobami osadzonymi w zakładzie karnym, zapewnienie w zakładzie karnym porządku i bezpieczeństwa, wykonywanie wszelkich czynności administracyjnych związanych z wykonywaniem tymczasowego aresztowania oraz kar i środków przymusu skutkujących pozbawienie wolności oraz dokumentowania tych czynności organizowanie pracy sprzyjającej zdobywaniu umiejętności zawodowych, nauczanie oraz zajęcia kulturalno-oświatowe i sportowe, wdrażanie skazanych do readaptacji społecznej poprzez stwarzanie warunków sprzyjających do