W 1964 IESE rozpoczął pierwszy program studiów máster. 1 listopada 1969 Instytut Teologii stał się Wydziałem Teologicznym, a 8 listopada Instytut Dziennikarstwa przekształcił się w Wydział Nauk Informacyjnych.
W 1976 został otwarty budynek Wydziału Nauk Humanistycznych. W 1982 otwarto Centrum Studiów i Badań Technicznych Gipuzkoi (CEIT). W 1986 stworzono Instytut Naukowy i Technologiczny, Instytut Przedsiębiorstwa i Centrum Technologii Informacyjnej.
W 2002 uczelnia świętowała swoje 50-lecie.
W styczniu 2015 na terenie kampusu uniwersytetu otwarto Muzeum Uniwersytetu Nawarry (Museo Universidad de Navarra). Muzeum to posiada bogatą kolekcję dzieł sztuki współczesnej takich artystów jak Pablo Picasso, Wassily Kandinsky i wielu innych. Okazały budynek muzeum jest dziełem nawarskiego architekta Rafaela MoneoPresentado el Museo Universidad de Navarra, la última joya de Moneo – www.abc.es (hiszp.).. Muzeum organizuje liczne wydarzenia kulturalne i kursy dla studentów.