Z biegiem czasu powstawały kolejne wydziały: Zootechniczny (1951) Technologii Drewna (1954 – powstał w wyniku przekształcenia dotychczasowego Oddziału Technologii Drewna Wydziału Leśnego; pierwszym dziekanem nowego wydziału został prof. Stanisław Prosiński), Ogrodniczy (1956 – powstał na bazie Oddziału Ogrodniczego na Wydziale Rolnym, utworzonego dwa lata wcześniej w miejsce Studium Ogrodniczego; pierwszym dziekanem została doc. Helena Nieć) Technologii Rolno-Spożywczej (1962; pierwszym dziekanem został prof. Józef Janicki), Melioracji Wodnych (1970) Ekonomiczno-Społeczny (2007)
W styczniu 2010 senat uczelni zmienił nazwę dwóch wydziałów: Rolniczego na Rolnictwa i Bioinżynierii oraz Ogrodniczego na Ogrodnictwa i Architektury Krajobrazu.
W 1969 utworzono w Bydgoszczy filię Wyższej Szkoły Rolniczej w Poznaniu, najpierw z jednym wydziałem rolniczym. W 1972 filia uczelni w Bydgoszczy uzyskała status samodzielnej jednostki organizacyjnej jako Zamiejscowy Wydział Rolniczy z Oddziałem Zootechnicznym. W 1974 filia w Bydgoszczy została połączona z tamtejszą Wyższą Szkołą Inżynierską w Akademię Techniczno-Rolniczą w Bydgoszczy.