W następnym roku udało się Aussies razem z O’Gradym zrewanżować i wygrali mistrzostwa świata ustanawiając jednocześnie rekord świata, należący wcześniej do zwycięzców z olimpiady - Niemców.
Od roku 1995 Stuart O’Grady był zawodowcem i startował na szosie. Wygrał m.in. 3 etapy w Tour de France. Nie pokazywał się zbytnio w wyścigach klasycznych, ale 1 sierpnia 2004 udało mu się wygrać HEW-Cyclassics w Hamburgu, jak również Paryż-Roubaix 2007. Całkiem inaczej w Tour de France: dzięki swoim wszechstronnym umiejętnościom często widać go było w sprintach grupowych i w ucieczkach. Był rozpoznawany przez kibiców, mimo że nie zdobywał wysokich pozycji w klasyfikacji generalnej. W walce o zieloną koszulkę czterokrotnie zajmował drugie miejsce (1998, 1999, 2001 i 2005).
Na olimpiadzie w Atenach zasygnalizował powrót do dawnych sukcesów i wygrał razem z Graeme Brownem w wyścigu parami na torze, (tzw. madison). W gruncie rzeczy nie przestał ścigać się na torze - często występował na wyścigach sześciodniowych.
Karierę zakończył po ukończeniu Tour de France 2013. Kilka dni później przyznał się do stosowania dopingu w 1998 roku.