Arcybiskup Jan udał się osobiście do Waszyngtonu, by upewnić się, że jego lud otrzyma pozwolenie na osiedlenie się w Ameryce.
W 1951 Jan został arcybiskupem Europy Zachodniej z siedzibą w Paryżu, a następnie w Brukseli. Dzięki jego pracy nad żywotami świętych prawosławie poznało i otoczyło kultem wielu świętych Zachodu sprzed schizmy. Kontynuował też pracę charytatywną i duszpasterską rozpoczętą w Szanghaju.
W 1963 Święty Synod wybrał go arcybiskupem San Francisco. Tu także znalazł on podzieloną wspólnotę i nieukończoną katedrę. Chociaż ukończył jej budowę i doprowadził do częściowego pojednania we wspólnocie, stał się przedmiotem ataku swoich wrogów politycznych, którzy posunęli się do oskarżenia go o malwersacje finansowe przy budowie katedry. Został z tych zarzutów oczyszczony, ale stały się one dla niego powodem wielkiej troski w późnych latach życia. Jako biskup sprzyjał też działalności mnicha Serafina (Rose'a).