Ta teoria neutralna ewolucji molekularnej, jak nazwał ją Kimura, była niekiedy przeciwstawiana teorii doboru naturalnego Darwina, jednak sam Kimura twierdził, że nie stoją one w sprzeczności, lecz że teoria neutralistyczna kładzie większy nacisk na rolę mutacji i losowego dryfu genetycznego na poziomie molekularnym.
Dotychczas zebrane dane nie pozwalają na rozstrzygniecie sporu pomiędzy selekcjonizmem a neutralizmem.
Podstawowe zasady Ewolucja układu jest możliwa po spełnieniu kilku podstawowych zasad. Pierwszą z nich jest zdolność replikacji, która na poziomie organizmu nazywana jest reprodukcją. Biologicznym polimerem zapewniającym ciągłość istnienia cząsteczek są kwasy nukleinowe. Dzięki ich zdolności do replikacji cząsteczki istnieją pomimo naturalnego procesu degradacji realizowanego przez reakcje takie jak hydroliza. Sama replikacja nie umożliwia ewolucji. Drugą podstawową zasadą jest zmienność. Do zmian dochodzi w wyniku mutacji. Zwiększenie zmienności i odpowiadające mu przyspieszenie ewolucji jest możliwe dzięki duplikacjom oraz mutacjom punktowym. Trzecią zasadą jest współzawodnictwo. Warianty cząsteczek w efekcie przypadkowych zmian są lepiej przystosowane do przetrwania i replikacji. Cząsteczki te w istniejących warunkach w wyniku replikacji występują w coraz większym stężeniu.