Północne wybrzeża akwenu należą do Grecji i Turcji, wschodnie do Syrii, Libanu, Izraela i Strefy Gazy, a południowe do Egiptu. Cypr dzieli morze na część północną, określaną niekiedy jako Basen Cylicyjski, oraz rozległy obszar położony na południe i zachód od wyspy. W południowo-zachodniej części akwenu znajduje się rozległy stożek osadowy utworzony przez osady nanoszone przez Nil.
Dno Morza Lewantyńskiego tworzy głęboki basen oceaniczny urozmaicony grzbietami, rowami i wzniesieniami podmorskimi. Na południe od Cypru znajduje się Góra podwodna Eratostenesa, rozległe wyniesienie dna oddzielające głębsze części basenu. W rejonie łuku helleńskiego, na zachód od właściwego Basenu Lewantyńskiego, występują najgłębsze obszary całego Morza Śródziemnego.
Hydrologia Morze Lewantyńskie jest jednym z najcieplejszych i najbardziej zasolonych obszarów Morza Śródziemnego. Temperatura wód powierzchniowych wynosi około 16 °C zimą i może przekraczać 30 °C latem. Zasolenie powierzchniowe w okresie letnim dochodzi miejscami do około 39,7‰. Wysokie wartości temperatury i zasolenia wynikają z silnego parowania, niewielkich opadów oraz ograniczonego dopływu wód rzecznych.