Zdarzało się też, iż przyczyną konfliktów między sąsiadami z religią w tle były ich zaszłości lub brak porozumienia w sprawach spadków.
Z reguły jednak na ziemi polskiej okres, który zakończyła unia brzeska, czyli połączenia Cerkwi prawosławnej z Kościołem łacińskim dokonanego w Brześciu Litewskim (Rzeczpospolita Obojga Narodów) w 1596 roku, charakteryzował się względną tolerancją religijną, która była praktykowana przez polską szlachtę. Brakowało jednak równouprawnienia tych dwu wyznań, mimo że kolejni polscy królowie dążyli do umożliwienia swobodniejszego rozwoju ruskiej Cerkwi. Po podpisaniu w 1596 roku aktu brzeskiego oraz wydaniu przez króla uniwersału zatwierdzającego wspomnianą unię sytuacja Kościoła prawosławnego uległa znacznemu pogorszeniu i skomplikowaniu. To spowodowało, że w historii Polski nastał nowy okres dla Kościoła prawosławnego, pozycja jego wyznawców uległa zmianie.
Hegemonia Kościoła katolickiego Na przełomie XVI i XVII wieku ówczesny król Polski Zygmunt III Waza, w obecności parlamentarzystów, powiedział w Sejmie: „Niech raczej ginie Rzeczpospolita, niżeliby miała wiara święta i boska chwała uszczerbek jaki cierpieć”.