XX wieku otwarto w Łodzi Łagiewnikach Studium dla kleryków prowincji warszawskiej i krakowskie studium wróciło do prowadzenia całości programu studiów w Krakowie. Początkowo krakowskie studium było 5-letnie: 2 lata filozofii i 3 lata teologii, ale szybko wydłużono studium teologii do czterech lat. Pod względem prawnym studium opierało się na przepisach konstytucji zakonnych i rozporządzeniach generałów zakonu.
W 1969/1970 roku przyjęto nowe Ratio Institutionis Sacerdotalis (program studiów) zatwierdzone przez Stolicę Apostolską dla seminariów w Polsce. W 1981 r. studium zostało afiliowane do Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Pozwoliło to absolwentom studium franciszkańskiego zdobywać stopnie naukowe PAT-u. Od 1988 r. na podstawie ustawy sejmowej seminarium uzyskało także osobowość prawną na forum państwowym. Na studia przyjmowano kandydatów po VI klasie gimnazjum, a od 1930 r. po maturze. W studium krakowskim zawsze realizowano program obowiązujący w seminariach. Od czasów papieża Leona XIII był nim tomizm.