Powrót do służby W czasie powstania listopadowego powrócił do służby czynnej i uzyskał w 1831 stopień pułkownika, zaś po brawurowym ataku na tylną flankę rosyjską w bitwie pod Kałuszynem, został 26 lipca tegoż roku mianowany generałem brygady. W czasie szturmu Paskiewicza na Warszawę Młokosiewicz był dowódcą brygady i walczył na Woli. Po upadku Warszawy, widząc zbliżającą się klęskę powstania, poprosił o dymisję i złożył przysięgę wierności carowi Mikołajowi I, po czym powrócił do swych dóbr w Omięcinie.
Tytuł szlachecki W roku 1844 car Mikołaj nadał mu szlachectwo Królestwa Polskiego z herbem o nazwie Fuengirola (według Szenica: w polu czerwonym kamienna baszta sześcioboczna z blankami, w bramie baszty złoty lew w prawo spięty, miecz w prawej łapie do cięcia trzymający, w szczycie hełmu pół lwa jak w tarczy, w prawo paszczą w tył obrócony).
Życie rodzinne Franciszek Młokosiewicz był dwukrotnie żonaty: z Anną Sokołowską na Omięcinie, z którą miał syna, oraz z Anną Janikowską, z którą miał trzech synów i dwie córki. Spośród synów urodzony w 1831 Ludwik Aleksander był botanikiem i zoologiem.