Po wojnie Napoleona z Austrią (1809 rok) Siedlce włączone zostają do utworzonego przez cesarza Księstwa Warszawskiego. Miasto awansuje do rangi stolicy departamentu. W 1815 roku po Kongresie Wiedeńskim zostaje wcielone do Królestwa Polskiego i staje się stolicą województwa podlaskiego. Wraz z całym Królestwem Siedlce przeżywają rozkwit gospodarczy, ale po klęsce powstania listopadowego i zmianie województwa na gubernię podlaską, a w końcu likwidację w 1844 roku samodzielnej jednostki administracyjnej i przyłączeniu do guberni lubelskiej utratę samodzielności administracyjnej. Między zrywami niepodległościowymi w latach 1840–1866 Siedlce były siedzibą władz powiatowych. Okres rusyfikacji i represji po stłumieniu powstania styczniowego trwał nawet po utworzeniu w 1867 roku guberni siedleckiej. Zawirowania dziejowe historii Polski, takie jak powstania narodowe, tylko na krótko zahamowały rozwój Siedlec w XIX w. Jednocześnie trwał gospodarczy rozwój miasta – szczególnie po zbudowaniu przebiegających przez Siedlce brukowanej drogi Warszawa – Brześć (1820-1823) oraz kolei Warszawa – Brześć (1866-1867).