XVI wieku do odbudowy zamku i budowy murów miejskich.
W efekcie tych działań Skała powoli zyskiwała na znaczeniu i rozwijała się. W 1570 roku lustracja dóbr królewskich województwa podolskiego zanotowała w mieście stanowiącym siedzibę starostwa niegrodowego: 186 domów chrześcijańskich czynszowych, 10 żydowskich, 25 sług zamkowych, 4 popowskich, 3 szlacheckich, 2 wójtowskich, 2 sług miejskich, co wskazuje, że mieszkało tu ponad 1000 poddanych.
Wojny XVII wieku doprowadziły Skałę do upadku znaczenia: w 1615 Tatarzy zdobyli miasto i uprowadzili całą ludność w jasyr, w 1621 Turcy pustoszyli okolicę, w czasie rebelii Chmielnickiego w 1648 Kozacy pod wodzą Maksyma Krzywonosa zdobyli zamek i splądrowali, w 1657 stacjonowały tu oddziały siedmiogrodzkie Rakoczego, które spustoszyły całą okolicę. Miasto zostało kompletnie zrujnowane. Według pierwszej lustracji po zakończeniu Potopu przeprowadzonej w 1665 mieszkało tu jedynie 15 mieszczan, którzy otrzymali 12-letnią wolniznę.