Nie przeszkodziło to jednak w tym, by zimą 2005 Pandev zmienił klub na lepszy. Dość niespodziewanie 18-letnim wówczas napastnikiem zainteresowano się w Zagrzebiu i od rundy wiosennej Saško był zawodnikiem tamtejszego Dinama, jednego z najbardziej utytułowanych klubów w Chorwacji. Jednak Pandev w sezonie 2005/2006 nie zadebiutował w drużynie Dinama i grał w zespole juniorów. Debiut w pierwszej lidze Chorwacji nastąpił dopiero w 10. kolejce sezonu 2006/2007, 14 października 2006 w wygranym 4:1 meczu z NK Varteks, gdy w 88. minucie zmienił Lukę Modricia. W zespole Dinama Pandev miał jednak małe szanse, by częściej pojawiać się w składzie, zwłaszcza że do gry w ataku kandydowali tacy piłkarze jak Eduardo da Silva, Davor Vugrinec, Anderson Costa czy Goran Ljubojević. Wypożyczany co rok do innego klubu aż do 2010 roku występował najpierw w lidze chorwackiej (Inter Zaprešić i Međimurje Čakovec), a następnie macedońskiej (FK Rabotniczki Skopje i Horizont Turnowo).