W latach 1993–1997 pełnił funkcję gubernatora obwodu czujskiego. Od 1997 do 1998 był szefem Narodowych Służb Bezpieczeństwa, w latach 1998–1999 burmistrzem Biszkeku. W lipcu 1999 założył własną partię Ar Namys (Godność). W lutym 2000 ogłosił zamiar startu w wyborach prezydenckich. Jednak w następnym miesiącu został aresztowany, a 22 stycznia 2001 skazany przez sąd na siedem lat więzienia za korupcję i nadużycie władzy w czasie kierowania służbami bezpieczeństwa. W listopadzie 2001 został wybrany liderem Kongresu Ludowego Kirgistanu, koalicji partii opozycyjnych wobec rządów prezydenta Askara Akajewa. Pracami ugrupowania kierował z więzienia.
Rewolucja 2005 W marcu 2005 został zwolniony z więzienia zaraz po wybuchu tulipanowej rewolucji i obaleniu prezydenta Akajewa. 11 kwietnia 2005 Sąd Najwyższy oczyścił go z wszystkich zarzutów i uznał jego proces za politycznie motywowany.