Po stryju Piotrze Reju, Mikołaj został dziedzicem Nagłowic.
Mikołaj odebrał fragmentaryczne wykształcenie; najpierw 2 lata w Skalbmierzu, potem kolejne 2 we Lwowie – w 1518 został zapisany w poczet studentów Akademii Krakowskiej, gdzie nie kwapił się do nauki i – jak napisał w swojej biografii – poznał co to dobre towarzystwo. Miejsce zamieszkania Reja w Krakowie było okryte tajemnicą aż do roku 1892, kiedy to udało się ustalić, że mieszkał on w przekazanym mu przez Annę Odrowążową dworze przy ul. Grodzkiej. Obecnie stoi tam kamienica nr 60, którą wzniesiono na pustym placu w roku 1871Marek Żukow-Karczewski, Gdzie Mikołaj Rey mieszkał w Krakowie?, „Echo Krakowa – Magazyn”, nr 162 (12462), 1987..
W 1531 r. ożenił się z Zofią Kościeniówną z Sędziszowa, córką Bogumiły z Boryszewskich i Jana Kościenia z Wyrwy i Sędziszowa. Matka była bratanicą Andrzeja Róży z Borszowic Boryszewskiego (ok. 1435–1510) arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski. Po jego śmierci odziedziczyła na Chełmszczyźnie połowę Siennicy, Kobylego, Rubiego i Woli Kobylskiej. Bogumiła, przepisała swój dział ziemski kobylski prawem spadku córce Zofii. Po ślubie Rej osiadł więc na Ziemi Chełmskiej.