Kariera Kariera klubowa Boenisch zaczynał swoją karierę w klubie SSVg Heiligenhaus, później grał też w klubie Borussia Velbert i Rot-Weiß Oberhausen. W 2003 roku został piłkarzem FC Schalke 04. W sezonie 2005/2006 Boenisch z jedenastoma bramkami na koncie, został 3 najlepszym strzelcem ligi juniorów.
W Bundeslidze zadebiutował 11 lutego 2006 roku w wygranym 7:4 meczu przeciwko Bayer 04 Leverkusen. Zaledwie 5 dni później rozegrał swój pierwszy mecz w Pucharze UEFA przeciwko Espanyol Barcelona.
W maju 2007 przedłużył kontrakt z FC Schalke 04 do 2010 roku. Niestety od początku sezonu nie dostał się do 18-osobowej kadry meczowej Schalke i jeszcze w sierpniu tego samego roku przeniósł się do Werder Brema. W klubie z Bremy ze względu na swoją lepszą nogę zazwyczaj występuje na lewej obronie, może także występować jako prawy i środkowy obrońca.
We wrześniu 2010 roku odniósł ciężką kontuzję kolana, po której do pełni zdrowia miał wrócić w grudniu roku 2011. Zgodnie z przewidywaniami, Boenisch w drugiej połowie grudnia powrócił do treningów.