W latach 1561–1629 kościół był użytkowany przez ewangelików, a w 1662 patronat nad świątynią objęli jezuici, którzy na przełomie XVII i XVIII w. dokonali barokizacji wnętrza.

Po sekularyzacji zakonu jezuitów kościół został w latach 1757–1772, za zgodą władz pruskich, zamieniony na magazyn zbożowy. Tym niemniej, podczas swej podróży po Śląsku w połowie XIX w. na budowlę zwrócił uwagę Maciej Bogusz Stęczyński, który tak przedstawił ją w opisie Świdnicy, zamieszczonym w dziele „Sudety, jako dalszy ciąg poematu Tatry w 24 pieśniach przez Bogusza Zygmunta Stęczyńskiego. Tom I”: (...) Tum świętego Wacława wystawiony z ciosu / Przez Króla Bolesława Drugiego, spaniały, / Na świadectwo przeszłości stoi dotąd cały, / I najwyższą swą wieżą z daleka połyska... / A jak piękny zdaleka, tak powabny z bliska; / Jęki dzwonów przyjemne daleko roznosi, / Wzywając do pokuty... o przeszłości głosi. (...).

Restaurowany w latach 1893–1895 utracił wiele oryginalnych elementów architektonicznych.