Od 23 września 1937 do lata 1939 kierował 4 Okręgowym Urzędem Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego w Łodzi.
Karol Kurek został aresztowany w drugiej połowie 1939 w okolicach Lwowa. Był więziony w miasteczku Przemyślany. W styczniu 1940 wraz z osobami cywilnymi został przewieziony do więzienia Brygidki we Lwowie, a następnie do więzienia Zamarstynowskiego. W więzieniu tym odmówił udziału w zorganizowanej przez innych więźniów ucieczce (zakończonej sukcesem) przez piec i komin. Według powojennej relacji z Londynu powodem odmowy przyłączenia się do ucieczki była wiara w przestrzeganie konwencji wojennych. W pierwszych dniach lutego 1940 Karol Kurek został wysłany do obozu w Starobielsku. Znajdująca się w posiadaniu rodziny anonimowa kartka z 1945 twierdzi, że w 1940 Kurek był widziany w okolicach Smoleńska, maszerujący pod eskortą Rosjan w kierunku Katynia.