Strukturę towarzystwa tworzył Zarząd Główny z siedzibą w Warszawie oraz oddziały terenowe w większych miastach Polski: Łodzi, Poznaniu, Szczecinie, Krakowie, Toruniu, Wrocławiu. Siedziba Oddziału Gdańskiego znajduje się w Sopocie. W Rzeszowie działa „Polskie Towarzystwo Biocybernetyczne”. W strukturze towarzystwa wydzielono również 4 zespoły problemowe: Analizy Systemowej i Inżynierii Systemów, Metodologii, Systemów Bezpieczeństwa, oraz Sztucznej Inteligencji. Antoni Pach był założycielem i do 1991 r. przewodniczącym Oddziału PTC w Krakowie. Jego zastępcami byli Ryszard Tadeusiewicz i Jan Trąbka. W 1992 r. uzyskał tytuł honorowego członka PTC.
W połowie lat 80. prezesem Zarządu Głównego PTC był płk prof. Robert Staniszewski. Następnie przez dwie kadencje, począwszy od 1988 roku, funkcję tę pełnił Piotr Sienkiewicz. Honorowym prezesem Zarządu Głównego PTC był m.in. Edward Kowalczyk.
W latach 60. powstała Rada Naukowa PTC. Jej członkami byli m.in. Henryk Greniewski, Marian Mazur i Antoni Pach. PTC od 1978 roku do 1993 roku wydawało kwartalnik „Postępy Cybernetyki”. W końcowym okresie prawdopodobnie z przerwami. Wydawano również biuletyny sekcji i materiały z konferencji.