W 1985 roku Masako ukończyła studia na Wydziale Ekonomii Uniwersytetu Harvarda, uzyskując tytuł licencjacki, natomiast rok później podjęła studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Tokijskiego, ale przerwała je w związku z rozpoczęciem pracy w Ministerstwie Spraw Zagranicznych (Wydział Organizacji Międzynarodowych Departamentu Ekonomicznego, tematyka OECD). W 1988 roku wyjechała na stypendium do Balliol College Uniwersytetu Oksfordzkiego, gdzie zajmowała się problematyką stosunków międzynarodowych. Po powrocie do MSZ pracowała w Departamencie Ameryki Północnej.
Masako poznała księcia Naruhito w 1986 roku. W trakcie swoich siedmioletnich zabiegów o jej rękę spotkał się z dwukrotną odmową. Zdawała ona sobie bowiem sprawę z ogromnych napięć, jakie czekały ją na dworze cesarskim. Wynikały one przede wszystkim z oczekiwań na utrzymanie męskiej linii następców tronu. Pod wpływem ojca Masako wyraziła w końcu zgodę i ceremonia ślubna według tradycyjnego ceremoniału odbyła się 9 czerwca 1993 roku. thumb|240px|Cesarz Naruhito i cesarzowa Masako (2019)