W latach 1991–1999 Generalny Konserwator Zabytków kierował Państwową Służbą Ochrony Zabytków i był przełożonym wojewódzkich konserwatorów zabytków. W 1996 r. wojewódzcy konserwatorzy zabytków zostali podporządkowani poszczególnym wojewodom (stając się częścią wojewódzkiej administracji zespolonej), a Generalny Konserwator Zabytków kierował tylko Biurem Ochrony Zabytków w Warszawie. W 1999 r. nazwa „Państwowa Służba Ochrony Zabytków” zmieniona została na „Służba Ochrony Zabytków”. W latach 1999–2002 Generalny Konserwator Zabytków zyskał status ministra działając przy pomocy wydzielonego z Ministerstwa Kultury Urzędu Generalnego Konserwatora Zabytków (UGKZ), który miał rangę urzędu centralnego, a który został zlikwidowany z dniem 1 lipca 2002 r. Od tego czasu Generalny Konserwator Zabytków ponownie stał się częścią aparatu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, a jego zadania obsługuje Departament Ochrony Zabytków Ministerstwa.