Podobnie jak Saccharomyces cerevisiae jest to organizm modelowy w biologii molekularnej i komórki, komórek eukariotycznych. Był drugim gatunkiem drożdży, którego genom poddano sekwencjonowaniu, prace zakończono w 2002 roku. Zawiera 3 chromosomy, a szacowana liczba genów kodujących białka to 5123, ale potwierdzono obecność tylko 4981. Do charakterystycznych cech genomu tego gatunku drożdży należy także budowa centromerów, które są zdecydowanie dłuższe niż u innych gatunków.
S. pombe zalicza się do tzw. drożdży konwencjonalnych i w odróżnieniu od większości gatunków drożdży nie rozmnaża się przez pączkowanie. Jego komórki utrzymują swój wydłużony kształt poprzez spolaryzowany wzrost oraz następujący później podział wzdłuż krótkiej osi (podobnie jak większość bakterii), co owocuje dwoma komórkami o jednakowej wielkości (w przeciwieństwie do pączkowania Saccharomyces cerevisiae). Właściwość ta, przy jednoczesnym zachowaniu klasycznych cech organizmu eukariotycznego, czyni z S. pombe doskonałe narzędzie do badania mitozy, mejozy, regulacji cyklu komórkowego oraz procesów starzenia.