Od czerwca do października 1997 w Kongu toczyła się wojna domowa między zwolennikami startujących, w zaplanowanych na lipiec wyborach, kandydatów: prezydenta Lissouby oraz byłego prezydenta Sassou-Nguesso. W tym czasie Mvouba pełnił funkcję rzecznika prasowego sił popierających Sassou-Nguesso. W wyniku walk wybory prezydenckie odwołano, a władzę w kraju przejął Sassou-Nguesso. Isidore Mvouba pod koniec października 1997 objął stanowisko ministra- szefa gabinetu prezydenta.
12 stycznia 1999 Mvouba zajął urząd ministra transportu, lotnictwa cywilnego i handlu morskiego. Przed wyborami prezydenckimi 10 marca 2002 pełnił funkcję szefa kampanii prezydenckiej Sassou-Nguesso"Nguesso names Campaign Director", accesmylibrary, 14 lutego 2002.. W wyniku wyborów prezydent został wybrany na kolejną kadencję. 18 sierpnia 2002 Mvouba został mianowany ministrem transportu i prywatyzacji, 2 września 2002.. W czasie prezydentury Sassou-Nguesso sprawował różne funkcje w partii. Był sekretarzem PCT oraz Unii Kongijskiej Młodzieży Socjalistycznej (UJSC).