Gra rozpoczyna się od animacji, w której ukazany jest pokój Alicji. Po chwili widać kota, który przeciąga się po obudzeniu, przewracając tym samym stos książek oraz lampę naftową, która doprowadza do powstania pożaru. W wyniku tego wypadku giną oboje rodzice Alicji. Szok wywołany tym zdarzeniem oraz poczucie winy Alicji, że śmierć rodziców to jej wina doprowadza ją do problemów natury psychicznej co powoduje, że zostaje zamknięta w szpitalu psychiatrycznym Rutledge Asylum i oddana pod opiekę dra Heironymousa Wilsona.
Do gry dołączony jest drukowany dziennik (org. casebook) lekarza Alicji. Zawarte w nim wpisy datowane są na pomiędzy 4 listopada 1864 a 24 sierpnia 1874 roku, co wskazuje, że pobyt w szpitalu trwa od prawie 10 lat. Z notatek w nim zawartych wynika, że Alicja nie wykazuje praktycznie żadnego kontaktu z otoczeniem i znajduje się w stanie katatonii.
W ostatnich sekundach animacji początkowej gry widać Alicję leżącą w szpitalnym łóżku trzymającą w ręku pluszowego królika. Doznaje ona halucynacji, w których królik zwraca się do niej słowami: Save us Alice!