Sezon 2004 to ten sam motocykl i ta sama klasa, jednak jego kolegą z zespołu został Alex Barros. Sezon bogaty w upadki dał Haydenowi dopiero 8 pozycję w ogólnym rozrachunku (117 punktów i dwa razy na trzecim stopniu podium).
W sezonie 2005 jego kolegą z zespołu został Max Biaggi. To był sezon w którym Hayden święcił swój pierwszy triumf. Na torze Laguna Seca podczas Grand Prix USA (pierwszy raz od 11 lat rozegrano to Grand Prix) zdeklasował rywali, wygrywając swój pierwszy wyścig w swojej karierze. Opowiadał później, że w 1994 roku kiedy razem z braćmi przeskakiwał przez ogrodzenie by dostać się na tor Laguna Seca, chcąc oglądać ostatnie wtedy GP USA, nigdy nie przypuszczał, że kiedyś w przyszłości będzie się ścigał w najwyższej klasie wygrywając na tym torze. Klasyfikacja końcowa to 3. miejsce (206 punktów, jedna wygrana, dwa drugie i trzy trzecie miejsca).