Było to gimnazjum koedukacyjne, o strukturze gdańskiej typu frankfurckiego, matematyczno-przyrodnicze z językami klasycznymi. Nauka trwała 9 lat. Do szkoły mogły uczęszczać dzieci obywateli gdańskich pochodzenia polskiego oraz polskich zatrudnionych w Wolnym Mieście. Nauka była płatna, jednak znaczna część uczniów korzystała z różnego rodzaju ulg bądź była zupełnie zwolniona z opłat. Szkoła była jedynym polskim gimnazjum w Wolnym Mieście Gdańsku.
Senat gdański, wyrażając zgodę na otwarcie gimnazjum, zastrzegł, że nie będzie udzielać subwencji, a sprawę uznania świadectw ustali w latach 1926–1927. W roku tym po raz pierwszy przeprowadzono w gimnazjum egzaminy dojrzałości, jednak sprawa uznania świadectw była przez władze gdańskie odwlekana, a zabiegi Macierzy Szkolnej i rządu polskiego nie przynosiły rezultatów. Ostatecznie Gimnazjum Polskie uzyskało prawa szkoły publicznej dopiero w wyniku umowy polsko-gdańskiej zawartej 18 września 1933.
Program nauczania obejmował m.in. naukę języka polskiego, kurs literatury polskiej oraz historii Polski i kultury ojczystej.