W lipcu 1992 Kalam został doradcą ds. nauki w indyjskim Ministerstwie Obrony, a nieco później jako główny doradca naukowy indyjskiego rządu otrzymał rangę ministra w gabinecie premiera. Jego praca doprowadziła do przeprowadzenia udanego testu atomowego Pokhran-II w 1998, który potwierdził status Indii jako państwa atomowego. Pracował również przy projekcie "India Millenium Mission 2020".
Kalam podjął się także pracy akademickiej, zostając od listopada 2001 profesorem technologii i społecznej transformacji w Anna University. Przede wszystkim zaangażował się w misję przekonania młodych do programu narodowego rozwoju m.in. poprzez spotkania ze studentami i uczniami w całym kraju.
25 lipca 2002 Kalam został wybrany 11. prezydentem Indii.
Polityka Część z poglądów Kalama na poszczególne sprawy może być determinowana przez funkcje, jakie zajmował w czasie swej naukowej kariery. Jego książka "Indie 2020" mocno przekonuje do aktywnego planu rozwoju państwa poprzez propagowanie wiedzy i programu narodowego rozwoju do roku 2020. Kalam był również zwolennikiem przyjmowania przez Indie bardziej stanowczej postawy w międzynarodowej polityce. Uważał, że indyjski program atomowy jest sposobem osiągnięcia przez Indie większej roli i siły w przyszłości.