W północno-wschodniej części miasta, przy granicy z miastem Quảng Ninh, znajduje się pierwotny rezerwat przyrody Khe Rỗ o powierzchni 7153 ha z bogatą fauną i florą, obejmujący 236 gatunków drzew, 255 gatunków roślin leczniczych, 37 gatunków ssaków, 73 gatunki ptaków i 18 gatunków gadów.
Hydrografia Bắc Ninh posiada gęstą sieć rzeczną o średniej gęstości 1–1,2 km/km². Przez miasto przepływa 5 głównych rzek: Đuống, Cầu, Thái Bình, Thương oraz Lục Nam. Stanowią one 5 z 6 dopływów węzła rzecznego Lục Đầu Giang wraz z rzeką Kinh Thầy. Rzeka Đuống ma długość 42 km na obszarze Bắc Ninh, a jej średni roczny przepływ wynosi 31,6 mld m³. Najwyższy poziom wody odnotowano na przystani Hồ w sierpniu 1945 roku (9,64 m, czyli 3–4 m powyżej poziomu pól). Rzeka niesie duże ilości namułu – w sezonie deszczowym średnio 2,8 kg osadu na 1 m³ wody. Rzeka Cầu ma łączną długość 290 km, z czego 70-kilometrowy odcinek prawobrzeżny przepływa przez miasto Bắc Ninh. Roczny przepływ wynosi około 5 mld m³. W sezonie powodziowym poziom wody wzrasta o 3–6 m (maksymalnie 8 m), natomiast w sezonie suchym opada bardzo nisko (0,5–0,8 m). Rzeka Thái Bình należy do największych rzek północnego Wietnamu (długość 385 km), a jej odcinek w granicach Bắc Ninh wynosi 17 km.