W czasie I wojny światowej pełnił posługę rabina wojskowego w armii austriackiej na terenie Lublina. Po wojnie zamieszkał w Warszawie, gdzie był współzałożycielem i rektorem utworzonego z inicjatywy partii Mizrachi Seminarium Rabinicznego Tachkemoni (z hebr. Wiedza). Z pracy w seminarium zrezygnował w 1930 po konflikcie z Mojżeszem Sołowiejczykiem, który oskarżył Bałabana o negatywny wpływ na młodzież. W 1928 habilitował się na Uniwersytecie Warszawskim. Współtworzył Instytut Nauk Judaistycznych w Warszawie, którego był profesorem od 1928. Wykładał na Wolnej Wszechnicy Polskiej, w żydowskim gimnazjum Ascola, a od 1936 był profesorem Uniwersytetu Warszawskiego. Pracował także w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
W 1940 został przesiedlony do getta warszawskiego, gdzie kierował Wydziałem Archiwalnym Judenratu. W 1941 został głównym rabinem synagogi Nożyków.
Zmarł w nieustalonych okolicznościach, według jednej z wersji popełnił samobójstwo. Jest pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 9, rząd 10)Grób Majera Bałabana w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul.