EBM rozwinęła się w latach 80. XX wieku jako reakcja na powszechną w medycynie dominację paradygmatu opartego na naukach podstawowych (patofizjologia, biochemia). Wywodzi się z epidemiologii klinicznej, dyscypliny zajmującej się problematyką eksperymentu medycznego i oceną wiarygodności badań klinicznych. Według części źródeł powstała na McMaster University w Kanadzie, według innych – w uczelniach brytyjskich (Uniwersytet Oksfordzki, Londyńska Szkoła Higieny i Medycyny Tropikalnej i in.). „Ojcami EBM” bywają nazywani zarówno David Sackett (1934-2015) z McMaster University, jak Archie Cochrane (1909–1988) z University College London, autor klasycznej dla EBM książki Effectiveness & Efficiency: Random Reflections on Health Services, upamiętniony nazwą utworzonej w 1993 roku Cochrane Collaboration, której celem jest gromadzenie wiarygodnych danych, dot. skuteczności tysięcy nowych procedur medycznych. Istotny wkład w budowanie statystycznych podstaw EBM wniósł też Douglas Altman (1948–2018), współtwórca Cochrane Collaboration, CONSORT i in.