W tym czasie, po śmierci starszego brata, został dziedzicem tytułu baroneta. Ojciec załatwił więc synowi odwołanie z Indii. Cotton rozpoczął więc służbę w 15. pułku Lekkich Dragonów. Razem z pułkiem brał udział w walkach z irlandzkimi powstańcami Roberta Emmetta i w 1800 r. otrzymał awans na stopień pułkownika. Pięć lat później został generałem-majorem. W latach 1806–1814 był członkiem Izby Gmin z okręgu Newark. W 1809 r. odziedziczył tytuł 6. baroneta.
Cotton został ponownie powołany do wojska w 1808 r., kiedy to cesarz Napoleon wkroczył na Półwysep Iberyjski i zajął Hiszpanię i Portugalię. Na pomoc tej ostatniej Brytyjczycy wysłali korpus ekspedycyjny pod dowództwem generała Arthura Wellesleya, późniejszego księcia Wellington. Cotton objął w korpusie stanowisko dowódcy kawalerii. Odznaczył się tam w wielu bitwach. Walnie przyczynił się do zwycięstwa w bitwie pod Salamancą 22 lipca 1812 r., za co osobiście podziękował mu Wellington. Niedługo po bitwie został ciężko ranny. Po zakończeniu działań wojennych w 1814 r., już jako generał-porucznik i kawaler Orderu Łaźni, został parem Zjednoczonego Królestwa jako baron Combermere.