W roku 2000 ukazał się Undrentide, z zespołu odeszły trzy wokalistki i w tak pomniejszonym, dziewięcioosobowym składzie, zespół wziął udział w nagrywaniu ścieżki dźwiękowej do American Psycho. Wtedy też ukazała się książka Songs of the Flesh wydawnictwa The Erotic Print Society, w której znalazły się zdjęcia erotyczne przedstawiające większość artystek z Mediæval Bæbes. Zyski z książki przeznaczyła na cele charytatywne. Dwa lata później wydano The Rose, na którym po raz pierwszy znalazły się teksty w średniowiecznym walijskim i współczesnym rosyjskim. W tym samym roku zespół nagrał muzykę do The Fall of the Louse of Usher. W roku 2005 ukończono prace nad Mirabilis.
Dwa lata później nagrany przez Mediæval Bæbes soundtrack serialu BBC Królowa dziewica zdobył nagrodę Ivor Novello 2007 za najlepszą telewizyjną ścieżkę dźwiękową. W 2008 ukazał się Iluminations. W przedostatnim albumie, The Huntress, wydanym w 2012 roku na dwóch płytach, znalazły się osobno utwory folkowe i klasyczne. W 2013 roku Mediæval Bæbes nagrywały ścieżkę dźwiękową do The Fifth Sacred Thing.