Synagoga współcześnie Pomnik ofiar Zagłady Ściany synagogi pokrywają nazwiska niemal 80 000 żydowskich ofiar z Czech i Moraw. Po bokach aron ha-kodesz zapisano nazwy gett i obozów, do których kierowano transporty z ziem czeskich. Cyfrowe rozszerzenie pomnika, dostępne w kiosku wewnątrz synagogi i przez internet, zawiera nazwiska ofiar oraz dostępne zdigitalizowane dokumenty i fotografie. Umożliwia również odnalezienie położenia danego nazwiska na ścianach synagogi.
Synagoga jest również wykorzystywana podczas żydowskich świąt do nabożeństw społeczności konserwatywnej i Unii Młodzieży Żydowskiej. Każdego roku odbywa się w niej uroczystość żałobna poświęcona czeskim ofiarom Zagłady, organizowana w rocznicę wymordowania terezínskiego obozu rodzinnego w Auschwitz-Birkenau w nocy z 8 na 9 marca 1944 roku.
Rysunki dzieci z Terezína Na pierwszym piętrze znajduje się stała ekspozycja rysunków dzieci z getta Terezín, powstałych w latach 1942–1944 podczas zajęć prowadzonych przez Friedl Dicker-Brandeis. Przed deportacją do Auschwitz ukryła ona rysunki w Terezínie, dzięki czemu po wojnie mogły zostać przekazane Muzeum Żydowskiemu w Pradze. Zachowała się kolekcja 4387 prac.