Ostatnim rabinem miejscowej gminy przed II wojną światową był w latach 1909–1939 Samuel Arje.
W 1941 roku okupacyjne władze niemieckie przeznaczyły synagogę na magazyn mienia skonfiskowanego czeskim gminom żydowskim. Po wojnie gmina żydowska na Smíchovie nie została odnowiona. Od lat 50. budynek służył jako magazyn pobliskich zakładów Tatra Smíchov, wcześniej należących do koncernu ČKD. Wnętrze uszkodziły między innymi betonowa posadzka, wstawiony strop i winda. W 1986 roku planowano rozbiórkę synagogi, lecz zapobiegło jej wpisanie budynku do rejestru zabytków.
Po aksamitnej rewolucji obiekt zwrócono w 1990 roku praskiej gminie żydowskiej, która w 1998 roku wydzierżawiła go Muzeum Żydowskiemu w Pradze. W ciągu następnych pięciu lat przeprowadzono gruntowną renowację. Wewnątrz umieszczono samonośną konstrukcję magazynową, która nie narusza odrestaurowanego wystroju synagogi.
Archiwum Muzeum Żydowskiego w Pradze Od 2004 roku w synagodze mieści się Archiwum Muzeum Żydowskiego w Pradze. Gromadzi ono między innymi dokumenty gmin żydowskich, listy ochronne, spuścizny wybitnych osób oraz dokumentację losów ofiar Zagłady.