choroba ziarniniakowa mózgu (S. japonicum), choroba ziarniniakowa rdzenia kręgowego (powodowana jest najczęściej przez S. mansoni i S. haematobium), może doprowadzić do poprzecznego zapalenia rdzenia z porażeniem wiotkim. Przedłużająca się infekcja może wywołać reakcję ziarniniakową i włóknienie w zajętych narządach, co prowadzi do polipowatości jelit z krwistą biegunką (przede wszystkim S. mansoni), nadciśnienia wrotnego z krwawymi wymiotami i splenomegalią (S. mansoni, S. japonicum), przewlekłe zapalenia pęcherza i cewki moczowej (S. haematobium) z dyzurią i krwiomoczem (niekiedy prowadzącego do raka pęcherza moczowego), nadciśnienia płucnego (S. mansoni, S. japonicum, rzadziej S. haematobium), kłębuszkowego zapalenia nerek, zmian w ośrodkowym układzie nerwowym. Rzadkim powikłaniem jest przypadkowe dostanie się jaj pasożyta do przysadki mózgowej i w efekcie rozwinięcie karłowatości przysadkowej.