Służba w Indiach Podbój Sindhu Na miejscu gubernator generalny Indii lord Ellenborough powierzył mu dowodzenie w prowincji Poona. W sierpniu 1842 roku, otrzymał rozkaz udania się do prowincji Sindh na terenach obecnego Pakistanu. 3 września wypłynął z Bombaju. Podczas rejsu, wybuchła epidemia cholery, na którą zmarły 54 osoby, zanim flota przybyła do Karaczi. Tam oddziały poniosły kolejne straty, wskutek wybuchu granatów. Wyruszył w górę Indusu, do Hajdarabadu i Sakharu. Tam dowiedział się, że został najwyższym pełnomocnikiem gubernatora generalnego i przejął władzę w prowincji. Władza Korony brytyjskiej w Sindhu ograniczała się okolic garnizonów w Shikarpurze, Bakharze i Karaczi. Teren prowincji był podzielony między 3 emirów: Kahirpuru, Hajdarabadu i Mirpuru. Ellenborough już wcześniej poinstruował kapitana Jamesa Outrama, który kierował brytyjską administracją na tym terenie, że każdy przejaw buntu emirów musi zakończyć się brytyjską interwencją. Napier, po zapoznaniu się z raportami Outrama o samodzielności emirów, doszedł do wniosku, że brytyjska interwencja jest nieunikniona.