W 1928 rozebrano żelazne ogrodzenie i zlikwidowano skwer otaczający pomnik, ułatwiając ruch pieszy w kierunku ul. Kopernika. W maju 1931 usunięto ziemny kopczyk, na którym posadowiony był cokół pomnika, zastępując go istniejącym do dziś postumentem z granitu.
W 1940, w czasie okupacji niemieckiej, dokonano zasłonięcia napisów wyrytych na cokole. W miejscu NICOLAO COPERNICO GRATA PATRIA umieszczono tablicę z napisem STA SOL NE MOVEARE (Stój, Słońce, powstrzymaj swój bieg), a napis MIKOŁAYOWI KOPERNIKOWI RODACY zasłonięto tablicą z napisem w języku niemieckim DEM GROSSEN ASTRONOMEN NIKOLAUS KOPERNIKUS (Wielkiemu astronomowi Mikołajowi Kopernikowi). Podczas montażu tablic jeden z pracowników zarządu miasta, artysta rzeźbiarz Maksymilian Potrawiak, celowo posmarował śruby towotem, aby łatwo było je można odkręcić.
11 lutego 1942 Maciej Aleksy Dawidowski „Alek” z Organizacji Małego Sabotażu „Wawer” zdjął z pomnika tablicę z niemieckim napisem i ukrył ją w pobliskiej zaspie śniegu. Tablica trafiła następnie do piwnicy Dawidowskiego, skąd w czerwcu 1942 została przewieziona i zakopana w ogrodzie willi należącej do rodziców Jana Rossmana przy ul. Sułkowskiego 29 na Żoliborzu (według innego źródła tablica trafiła do willi Rossmanów bezpośrednio po akcji).